LFKU blev stiftet i 1996.

Mange uafhængige frikirker havde på dette tidspunkt et godt organiseret børne- og ungdomsarbejde, men havde ikke nogen landsforening.

Der var behov for at udvikle frivillige ledere, internationalt arbejde og for at hjælpe de lokale foreninger med de administrative procedurer, der er nødvendige for foreninger Danmark.

LFKU blev derfor stiftet for at samle disse foreninger i en landsforening.